Arbejdet i kirken har været opdelt i flere etaper på baggrund af et udarbejdet helhedsprojekt. Første etape var istandsættelse af kirkens tårnfag med indbygning af et helt nyt orgel på 22 stemmer, 2 manualer og pedal opsat på et nyt pulpitur. Undervejs i dette arbejde, som blev afsluttet i 2007, blev der fundet en del kalkmalerier på tårnfagets vægge, som efter Nationalmuseets anbefalinger blev tillukket igen. Dette fund skulle senere vise sig ikke at blive det sidste.

Istandsættelse af kirkebygningen kom i gang i sommeren 2009 og omfattede restaurering af vægge og hvælv, stabilisering af kirkens tagværker, ændringer i stoleværkets opbygning, istandsættelse/omlægning af kirkens gulve, maler- og konservatormæssig istandsættelse og ombygning af kirkens fornemme inventar, optimering af kirkens belysning, fornyelse af hele el- og varmeinstallationen samt ikke mindst istandsættelse af kirkens enestående og interessante kalkmalerier.